Foi criada em 9 de Março de 1911, por decreto do Governo Provisório da República Portuguesa, em simultâneo com a Universidade do Porto, tendo em vista colocar as duas maiores cidades do país em idêntica situação com Coimbra. Para tal, fundaram-se novas academias e congregaram-se as escolas e cursos superiores existentes na capital nas diversas faculdades do organismo.
Assim foram instituídas as novas faculdades de Medicina e de Farmácia, em substituição da Escola Médico-Cirúrgica. A Faculdade de Ciências ampliou e substituiu a Escola Politécnica preexistente. O Curso Superior de Letras (fundado pelo rei D. Pedro V em 8 de Junho de 1859) deu lugar à Faculdade de Letras. Foi também criada a Faculdade de Ciências Económicas e Políticas de Lisboa (que em 1913 seria transformada em Faculdade de Estudos Sociais e de Direito e, finalmente em 1918, convertida na actual Faculdade de Direito, cujo primeiro director primeiro director foi Afonso Costa), proeminente figura da Primeira República, cuja posição na Universidade de Lisboa veio contrabalançar o facto de, até então, a esmagadora maioria dos governantes do país serem provenientes da Faculdade de Direito de Coimbra).
A estas faculdades se viriam a juntar, já no final do século, nas décadas de 80 e 90, a Faculdades de Psicologia e Ciências da Educação (que foi parte da Faculdade de Letras até 1981), a Medicina Dentária (com a integração em 1991 da Escola Superior de Medicina Dentária de Lisboa, criada em 1975) e a Belas-Artes (última a ser integrada, em 1991).
Numa tentativa de reorganização para melhor adaptação aos desafios futuros, a universidade de Lisboa passou, no final do ano de 2009, a organizar-se em cinco diferentes áreas estratégicas de coordenação da investigação e ensino: Artes e Humanidades (Faculdade de Belas-Artes, Faculdade de Letras e unidades de investigação associados), Ciências da Saúde (Faculdade de Farmácia, Faculdade de Medicina, Faculdade de Medicina Dentária, Instituto de Medicina Molecular e unidades de investigação associadas), Ciências e Tecnologia (Faculdade de Ciências, Instituto Geofísico do Infante D. Luís, Observatório Astronómico de Lisboa e unidades de investigação associadas), Ciências Jurídicas e Económicas (Faculdade de Direito e unidades de investigação associadas) e Ciências Sociais (Instituto de Ciências Sociais, Faculdade de Psicologia, Instituto de Educação, Instituto de Geografia e Ordenamento do Território, Instituto de Orientação Profissional, Centro de Estudos Geográficos). Esta nova estrutura procura, através de uma estreita cooperação entre os diferentes organismos que constituem a universidade, responder à necessidade de uma melhor gestão e mobilização de recursos.
Faculdades:
Ø Faculdade de Belas-Artes
Ø Faculdade de Ciências
Ø Faculdade de Direito
Ø Faculdade de Farmácia
Ø Faculdade de Letras
Ø Faculdade de Medicina
Ø Faculdade de Medicina Dentaria
Ø Faculdade de Psicologia
Ø Instituto de Ciências Sociais
Ø Instituto de Geografia e Ordenamento do Território
Institutos:
Ø Instituto de Ciências Sociais
Ø Instituto Bacteriológico de Câmara Pestana
Ø Instituto de Educação
Ø Instituto Geofísico do Infante D. Luiz
Ø Instituto de Geografia e Ordenamento do Território
Ø Instituto de Medicina Molecular
Ø Instituto de Orientação Profissional
Centros de investigação:
Ø Centro de Álgebra
Ø Centro de Arqueologia
Ø Centro de Astronomia e Astrofísica
Ø Centro de Biologia Ambiental
Ø Centro de Cardiologia
Ø Centro de Ciências Moleculares e Materiais
Ø Centro de Ecologia e Biologia Vegetal
Ø Centro de Electroquímica e Cinética
Ø Centro de Engenharia Biológica
Ø Centro de Estatística e Aplicações
Ø Centro de Estruturas Lineares e Combinatórias
Ø Centro de Estudos Alemães e Europeus
Ø Centro de Estudos Anglisticos
Ø Centro de Estudos Clássicos
Ø Centro de Estudos Comparatistas
Ø Centro de Estudas da Linguagem
Ø Centro de Estudos de Ciências Farmacêuticas
Ø Centro de Estudo de Doenças Pulmonares
Ø Centro de Estudos de Teatro
Ø Centro de Estudos Geográficos
Ø Centro de Filosofia
Ø Centro de Filosofia das Ciências
Ø Centro de Física Atómica
Ø Centro de Física da Matéria Condensada
Ø Centro de Física Nuclear
Ø Centro de Física Teórica e Computacional
Ø Centro de Física - Matemática
Ø Centro de Genética e Biologia Molecular
Ø Centro de Geofísica
Ø Centro de Geologia
Ø Centro de Hematologia e Imunologia
Ø Centro de Historia
Ø Centro de Historia das Ciências
Ø Centro de Investigação de Otorrinolaringologia
Ø Centro de Investigação e de Estudos em Belas-Artes
Ø Centro de Investigação em Educação
Ø Centro de Investigação em Psicologia
Ø Centro de Investigação Operacional
Ø Centro de Línguas
Ø Centro de Linguística
Ø Centro de Literaturas de Expressão Portuguesa
Ø Centro de Matemática e Aplicações Fundamentais
Ø Centro de Metabolismo e Endocriminologia
Ø Centro de Patogénese Molecular
Ø Centro de Psicologia Clínica e Experimental
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